Siendo la Finca de Café más grande de Costa Rica certificada por Rainforest Alliance, Aquiares es pionera en prácticas sostenibles aplicadas a la gran escala agrícola. En las últimas décadas la finca ha sembrado más de 50,000 árboles de sombra, creando corredores naturales a lo largo de riachuelos y nacientes de agua. Además se ha trabajado para conservar los valles de los ríos como bosques, sembrando árboles a lo largo de los ríos.
Los árboles de sombra resurgentes transforman lo que sería un ambiente de monocultivo en un ambiente natural holístico. Esto permite que el rico bio-medio de la finca siga los patrones de vida normales con mínima interrupción humana. Como fue notado en un artículo de New York Times, Aquiares recientemente sirvió de anfitrión a un grupo de naturalistas. En su reporte, ellos notaron que la extensa variedad de árboles de sombra y los corredores biológicos alrededor de riachuelos aumentan significativamente la biodiversidad en general. En la finca se encuentran ocelotes, armadillos, ardillas, coyotes, osos perezosos, decenas de especies de pájaros y otra fauna innumerable.
Aquiares es una finca modelo de la Certificación de Rainforest Alliance. Este sello ecológico garantiza que Aquiares reúne una serie de rigorosos estándares sociales y ambientales que son verificados anualmente por inspectores experimentados. Aquiares obtuvo su primera certificación en el 2003, y desde entonces ha recibido calificaciones de más de 950 puntos de un total posible de 1,000.
En el 2012, Aquiares se convirtió en la primera finca en Costa Rica en completar los requisitos del Módulo del Clima de Rainforest Alliance. El Módulo requiere la adhesión a cuidadosos estándares de emisiones de gases de efecto invernadero y uso de energía, los cuales son cuidadosamente revisados durante cada temporada. Esta certificación demuestra que las bajas emisiones de la finca no contribuyen significativamente al cambio climático.
El éxito ecológico de Aquiares la ha convertido no sólo en un modelo para Rainforest Alliance, sino un líder en la industria de la sostenibilidad. Representantes de Starbucks, Kraft, y hasta del Congreso de los Estados Unidos han visitado la finca para ver cómo el cultivo del café coexiste con la conservación.